Nachdem das Zisterzienserkloster Eußerthal das Dorf vollständig übernehmen wollte, mussten die bisherigen Pächter den kleinen Ort verlassen und die Mönche bewirtschafteten selbst ihren Besitz. Später übernahmen vorwiegend Konversen (Laienbrüder) die körperlichen Arbeiten auf dem Mechtersheimer Hof. Auch Gesinde und Tagelöhner waren auf der Grangie (urspr. „Getreidespeicher“, später für die Wirtschaftshöfe der Zisterzienser) tätig.

Bereits 1191 wird von einer Fähre nach Rheinsheim berichtet, 1237 ist eine Kapelle urkundlich erwähnt. 1318 wird die Mechtersheimer Mühle, die durch eine Abzweigung aus dem Lingenfelder Horbach angetrieben wurde, genannt. Bekanntlich war die Rheinebene immer wieder Kampfplatz in zahlreichen Kriegen. Einen ersten Bericht über die Betroffenheit von Mechtersheim ist aus dem

Badisch-Pfälzischen Krieg von 1461/62 überliefert. In der „Speierischen Chronik von 1406 bis 1476“ wird berichtet: „In dem branten die margraffschen off den pfaltzgraffen und branten dem appt von Usserstal [Abt von Eußerthal] ein gar gutten hoff abe zu Mechterßem, und namen im gar vil viehß dar in wol 52 osßen [Ochsen].“

Im Bauernkrieg, der in der Pfalz auf der Kirchweih in Nussdorf im April 1525 ausgelöst wurde, zogen die Horden auch bis zum Mechtersheimer Hof, weil gerade die kirchlichen Niederlassungen Ziel ihrer Raubzüge waren. Die Zerstörungen müssen groß gewesen sein. Danach haben die Mönche ihren Hof offensichtlich wieder in seinen ursprünglichen Zustand gebracht. Als Bewohner werden neben Ackerbauern zahlreiche weitere Berufsgruppen genannt. Kuh- und Schweinehirte, Ochsenknechte und Schäfer, Forst- und

Fuhrknechte, Weingärtner, Pflugmeister und Schützen verrichteten dort ihre Arbeit. Im Unterschied zu den Nachbardörfern Berghausen und Heiligenstein, die dem Speyerer Hochstift gehörten, fiel Mechtersheim als früheres Eigentum des Eußerthaler Klosters schließlich nach der Säkularisierung durch Friedrich III. den Frommen 1561/64 an die Kurpfalz. Die Verwaltung erfolgte jetzt durch die „Geistliche Güter- und Gefälleverwaltung“ in Heidelberg und dem zuständigen Oberamt in Germersheim. Der Kurfürst forderte für seinen neuen Herrschaftsbereich Berichte über die Ausgaben der klösterlichen Höfe an. Daraus erfahren wir auch Details über den Mechtersheimer Hof.

Aufgelistet werden als „Innahm“ für Schafwolle und den Fischfang auf dem Salmengrund, für Wein, Korn, Gerste, Speltz und Hafer aufgezählt. Doch einen viel größeren Umfang nehmen die „ußgabe“ ein für Fleisch, Thunfisch, Salz, aber auch für den Einkauf zusätzlichen Getreides in größeren Mengen als selbst produziert wurde, sowie Lohnkosten für die Handwerker und die eingestellte Mäher.

Der Bericht schließt ziemlich deprimierend ab:

„Diser Hofe Mechtersheim hatt vber disen mangel … Das er (wie der frucht allso in Zimlichen wertt ist) sich nitt ohne mercklich schaden erhalltten khan / bescheintt sich andern das die außgab diß ortts so groß ob schon die früchten In gemelltem preiß angeschlag so mög sie diese Suma gelitts bey ??? Gl [Gulden] nicht bezalen.“

Für die Pächter, die den Mechtersheimer Hof übernahmen, dürften die Anfänge auf den ihnen überlassenen Feldern nicht einfach gewesen sein. Die Verträge galten jeweils zehn Jahre und mussten dann erneuert werden. Das „Amtsbesatzbuch“ des Oberamts von 1593 nennt als Bewohner sechs Pächter, zwei Schützen, ein Oberschütze, ein Schweine- und ein Kuhhirt sowie acht „weitere Insassen“.

Die älteste Abbildung des Ortes „Metterßheim“ finden wir auf der Rheinstromkarte von 1594, die der Kurfürst anfertigen ließ (s.u.). Ob es sich bei dem durch eine Mauer begrenzten runden Areal zum Teil um eine stilisierte Zeichnung handelt, kann nicht belegt werden. Aus nördlicher Richtung führt ein Torgebäude in die Ansiedlung. Im Zentrum befindet sich eine Kapelle mit Glockenturm,

an die sich ein Gebäudegeviert anschließt, in dessen Innenhof ein Torbogen führt. Das der Kirche gegenüberliegende Gebäude trägt einen schmalen Rundturm. Entlang der Außenmauern sind verschiedene Wirtschaftsgebäude und eventuelle Wohnunterkünfte angeordnet.

1676 wurde der Hof an vier neue Pächter übergeben. Der Pachtvertrag dokumentiert, dass „dieser Hof durch die Garnison Philippsburg anno 1674 ganz ruinieret, die Häuser in Asche gelegt, auch nachgehends, als die kaiserliche Armee vor und bei der Belagerung gedachten Philippsburg darauf gestanden, wodurch dann dieser Hof in gänzlichen Ruin kommen, in dem die Weingarten verdorben, das Feld ganz durchgraben, verwüstet und verderbt worden“.
Der Pachtvertrag galt für zwölf Jahre, das gepachtete Land umfasste 1.167 Morgen Ackerland, 303 Morgen unbebaute Äcker und 180 Morgen Wiesen.

Im Jahr 1787 wurde die Mechtersheimer Gemarkung neu vermessen und ein umfangreiches Lagerbuch (Landesarchiv Speyer Bestand A 2 Nr. 1400) hergestellt. Viele heute noch vorhandene Gemarkungssteine tragen die Jahreszahl dieser Maßnahme. Sechs Jahre später wurden auch die Wiesen und Weinberge erfasst.

Das Lagerbuch enthält
Wiesengewannenamen wie Jägerwiese, Riedwiese, Schaafswiesen, Langwiesen, Bruchwiesen, Wolfsau-Inselwiese sowie die Weinlagen Narrenberg und Alter Berg.

Im Ersten Koalitionskrieg zwischen 1792 und 1797 kamen die linksrheinischen Territorien und damit auch Berghausen, Heiligenstein und Mechtersheim unter französische Herrschaft. Die Grundsätze der Revolution führten zur Aufhebung der Leibeigenschaft, die Besitztümer der kurpfälzischen „Geistlichen Güter- und Gefälleverwaltung“ wurden Nationalbesitz. Der Grundbesitz der früheren Erbpächter wurde zum Kauf angeboten. Die Mechtersheimer Bauern konnten zu einem großen Teil ihre ehemaligen Pachtgüter ersteigern. Folge davon war jedoch in der Folgezeit die Aufteilung und damit Verkleinerung des Ackergeländes unter den Erben. In der nachnapoleonischen Zeit kam die Pfalz 1816 an Bayern. Das Dorf Mechtersheim vergrößerte sich ständig.